Dinas Kesehatan Kabupaten Sukoharjo berada di wilayah ibukota kabupaten yaitu terletak di Jalan dr. Muwardi Nomor 66 Kelurahan Gayam, Kecamatan Sukoharjo. Dinas Kesehatan Kabupaten Sukoharjo berhadapan langsung dengan Rumah Sakit Umum Daerah Ir. Soekarno, sebelah utara dan timur berbatasan dengan Kecamatan Bendosari, sebelah selatan berbatasan dengan Kecamatan Nguter dan Kecamatan Tawangsari, dan sebelah barat berbatasan dengan Kabupaten Klaten.

Berdasarkan Peraturan Bupati Sukoharjo Nomor 74 Tahun 2022 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi, serta Tata Kerja Dinas Daerah Kabupaten Sukoharjo, susunan organisasi Dinas Kesehatan Kabupaten Sukoharjo terdiri dari:

1. Kepala;
2. Sekretariat, terdiri dari:
   1. Subbagian Perencanaan; 
   2. Subbagian Keuangan; 
   3. Subbagian Umum dan Kepegawaian. 
3. Bidang, terdiri dari:
   1. Bidang Kesehatan Masyarakat; 
   2. Bidang Kefarmasian dan Fasilitas Pelayanan Kesehatan; 
   3. Bidang Pelayanan Kesehatan, Pencegahan dan Pengendalian Penyakit; 
   4. Bidang Mutu Tenaga Kesehatan dan Fasilitas Pelayanan Kesehatan. 
4. Unit Organisasi Bersifat Khusus
5. Unit Organisasi Bersifat Khusus
   Unit Organisasi bersifat Khusus dibawah Struktur Organisasi Dinas Kesehatan Kabupaten Sukoharjo yaitu RSUD Ir Soekarno.
6. Unit Organisasi Bersifat Fungsional, terdiri dari:
   1. Puskesmas Weru;
      
   2. Puskesmas Bulu;
      
   3. Puskesmas Tawangsari;
      
   4. Puskesmas Sukoharjo;
      
   5. Puskesmas Nguter;
      
   6. Puskesmas Bendosari;
      
   7. Puskesmas Polokarto;
      
   8. Puskesmas Mojolaban;
      
   9. Puskesmas Grogol;
      
   10. Puskesmas Baki;
       
   11. Puskesmas Gatak;
       
   12. Puskesmas Kartasura.
       
7. Unit Pelaksana Teknis Daerah,
   Unit Pelaksana teknis daerah dibawah struktur organisasi Dinas Kesehatan Kabupaten Sukoharjo yaitu UPTD Laboratorium Kesehatan Daerah Kabupaten Sukoharjo.
8. Kelompok Jabatan Fungsional.